《药品注册管理办法》有如下内容：
第五十六条 申请人完成药物临床试验后，应当填写《药品注册申请表》，向所在地省、自治区、直辖市药品监督管理部门报送申请生产的申报资料，并同时向中国药品生物制品检定所报送制备标准品的原材料及有关标准物质的研究资料。
第六十条 国家食品药品监督管理局药品审评中心收到申报资料后，应当在规定的时间内组织药学、医学及其他技术人员对申报资料进行审评，必要时可以要求申请人补充资料，并说明理由。
经审评符合规定的，国家食品药品监督管理局药品审评中心通知申请人申请生产现场检查，并告知国家食品药品监督管理局药品认证管理中心；经审评不符合规定的，国家食品药品监督管理局药品审评中心将审评意见和有关资料报送国家食品药品监督管理局，国家食品药品监督管理局依据技术审评意见，作出不予批准的决定，发给《审批意见通知件》，并说明理由。
第六十一条 申请人应当自收到生产现场检查通知之日起6个月内向国家食品药品监督管理局药品认证管理中心提出现场检查的申请。
第六十二条 国家食品药品监督管理局药品认证管理中心在收到生产现场检查的申请后，应当在30日内组织对样品批量生产过程等进行现场检查，确认核定的生产工艺的可行性，同时抽取1批样品（生物制品抽取3批样品），送进行该药品标准复核的药品检验所检验，并在完成现场检查后10日内将生产现场检查报告送交国家食品药品监督管理局药品审评中心。
第六十五条 国家食品药品监督管理局药品审评中心依据技术审评意见、样品生产现场检查报告和样品检验结果，形成综合意见，连同有关资料报送国家食品药品监督管理局。国家食品药品监督管理局依据综合意见，作出审批决定。符合规定的，发给新药证书，申请人已持有《药品生产许可证》并具备生产条件的，同时发给药品批准文号；不符合规定的，发给《审批意见通知件》，并说明理由。
根据以上几条,我觉得流程应该是完成临床后,申请药品生产,国家局受理后组织审核,通过后国家局告诉申请人申请生产现场检查，并告知国家食品药品监督管理局药品认证管理中心.我想这就是GMP认证申请吧.国家食品药品监督管理局药品认证管理中心在收到生产现场检查的申请后,国家局组织审核,
并现场检查等,完成检查报告."国家食品药品监督管理局依据综合意见，作出审批决定。符合规定的，发给新药证书，申请人已持有《药品生产许可证》并具备生产条件的，同时发给药品批准文号."这里虽然没说给GMP证书,但是我理解如果刚才说的是GMP认证申请的话,那这时就应该给证书了,要不是GMP认证申请,也没什么别的仁认证了.
所以我觉得材料是报了两次,一次是按照<注册管理办法>附件组织的材料,第二次是按照<药品生产质量管理规范认证管理办法>组织的材料,最终得到批准文号和GMP证书.
不知道我理解的对不对，请指正.
我中心药品认证部和药品注册审评部给您的解答：
对于一个新开办的药品生产企业来说，由生产厂房的筹建到生产的产品上市，全部的工作流程是这样的：
生产企业筹建完毕后按照《药品生产监督管理办法》（局令第14号）办理《药品生产许可证》，《药品生产许可证》核发后按照《药品注册管理办法》（局令第28号）规定办理药品注册，当取得药品批准文号后，按照《药品生产质量管理规范认证管理办法》（国食药监安[2005]437号）规定进行药品GMP认证申请，经审查合格后核发《药品生产质量管理规范认证证书》，此时药品生产企业才取得生产资格，其所生产的产品经检验合格后上市销售。
根据以上的工作流程，药品注册的生产现场检查和药品GMP认证的现场检查是企业在办理产品上市过程中两个不同的工作阶段。
药品注册的生产现场检查是企业在办理药品注册过程中，申请药品批产时的一个现场审查流程，审核的主要目的是核定企业在办理药品注册时申报的生产工艺的可行性，根据《药品注册管理办法》（局令第28号令），现场审查工作由国家局药品认证中心来组织完成。企业在接受审查过程中要在符合药品GMP要求的生产厂房中按照申报的生产工艺试生产三批产品，并且审查过程为动态审查，即企业要在审查过程中安排动态生产，国家局药品认证中心在组织审查的同时还要现场抽取1批样品（生物制品抽取3批样品），送进行该药品标准复核的药品检验所检验。国家局药品审评中心依据技术审评意见、样品生产现场检查报告和样品检验结果，形成综合意见，连同相关资料报送国家局。符合规定的，发给新药证书或药品批准文号。
企业在取得药品批准文号后一个月内，要按照《药品生产质量管理规范认证管理办法》（国食药监安[2005]437号）规定向药品监督管理部门提出药品GMP认证申请，在企业申请受理后，药品认证机构会组织检查组对企业进行药品GMP认证的现场检查，该检查主要目的是通过现场核查企业的生产质量管理体系建立情况是否符合产品质量保证的要求，检查组将对包含厂房、设施、设备、机构与人员、物料、卫生、验证、文件、生产管理、质量管理、销售与回收、投诉、自检方面的企业质量管理体系按照评定标准进行全面复核，这个检查过程的组织工作由国家局药品认证中心或省级的药品认证管理机构来组织完成【具体职能分工参见《药品生产质量管理规范认证管理办法》（国食药监安[2005]437号）相关规定】，现场检查也为动态过程检查（即要求企业在现场检查过程中要组织动态生产）药品监督管理部门根据现场检查结果决定是否核发《药品生产质量管理规范认证证书》。
由以上工作流程可以看出注册的生产现场核查和药品GMP认证现场检查尽管可能都由国家局药品认证管理中心来组织实施（药品GMP认证现场检查部分剂型由省级药品认证机构组织实施），但却不能混淆为同一审查过程，二者是不同工作阶段的现场审查过程，生产现场核查是对生产工艺是否具有可行性进行确定；GMP认证现场检查是对企业质量管理体系按照评定标准进行全面复核。因此您的理解是不正确的。
另外，还需值得一提的是，目前我国的药品GMP认证是按照企业的产品剂型或生产线来管理的，并不是按照企业的产品品种管理，因此企业只要取得相应剂型（或生产线）的《药品生产质量管理规范认证证书》，如果再取得该剂型项下的其他产品品种批准文号，则不需再申请该剂型的药品GMP认证申请（前提是该剂型的《药品生产质量管理规范认证证书》在有效期内）。按照国家局目前对于药品GMP认证管理的相关指导思想，今后我国药品GMP认证管理的发展趋势可能会朝向按品种认证的方向发展，但具体的实施办法仍在商讨中。